Calcolatore della frazione di residui idrofobici

Questa percentuale è una frazione molare di residui, esattamente come ogni altra cifra di composizione del sito. Non è una frazione di massa, e le due si convertono per la via lunga: ogni conteggio di residui va pesato con la massa tabulata di quel residuo prima di confrontare i due totali. Il calcolatore del peso molecolare medio esegue quella pesatura ed è il posto giusto a cui andare quando la domanda riguarda la massa e non il conteggio.

Non è nemmeno una frazione di superficie, che è la confusione più allettante, perché è l’esposizione in superficie a governare davvero l’interazione con l’acqua. Un conteggio non distingue un residuo sulla superficie di una struttura piegata da uno sepolto al centro di essa, e non distingue nessuno dei due in una catena che non è piegata affatto. Il numero descrive la catena che la sequenza descrive, cioè un elenco di residui in un ordine. Manca tutto ciò che riguarda come quei residui stiano nello spazio tridimensionale.

La classe idrofobica qui comprende i tre residui aromatici, che sono contati anche dal calcolatore di aromaticità . Quel doppio conteggio è deliberato e non un errore, ed è il motivo per cui le percentuali idrofobica e aromatica non sono indipendenti l’una dall’altra. Qualunque tentativo di sommare le quattro percentuali di classe e di confrontare il totale con cento fallirà per ogni sequenza che contenga una fenilalanina, un triptofano o una tirosina.

Il modo più pulito di vedere l’aritmetica è una sequenza fatta solo di residui aromatici, dove idrofobica e aromatica sono entrambe cento e carica e polare sono entrambe zero. Aggiungi una sola tirosina a una catena lunga di residui alifatici e idrofobica, aromatica e polare si muovono tutte e tre insieme, per quantità che non hanno niente a che fare l’una con l’altra. Gli elenchi di classe si sovrappongono per progetto, perché una catena laterale appartiene genuinamente a più descrizioni utili. Il calcolatore della frazione di residui polari conta la tirosina come polare esattamente per questa ragione, e il calcolatore della frazione di residui carichi è quello le cui classi non si sovrappongono a queste.

Cambiare un solo residuo sposta questa percentuale di cento su n, cioè di 25 punti su una catena di quattro residui, di 10 punti su una catena di dieci e di 2.5 punti su una catena di quaranta. Su un peptide breve la risoluzione del conteggio è quindi grossolana, e una differenza di un residuo fra due peptidi altrimenti identici può spostare la cifra riportata di un quarto del totale. I confronti fra peptidi di lunghezza molto diversa sono di conseguenza deboli, e una differenza di qualche punto percentuale fra una catena breve e una lunga può non essere altro che la differenza di lunghezza.

È la stessa aritmetica che rende inaffidabile una media su una catena breve, ed è il motivo per cui il punteggio della pagina su GRAVY va letto come uno strumento di ordinamento più che come una misura. Entrambe le grandezze poggiano sulla stessa tabella di classi di residui. La guida al punteggio GRAVY è utile qui perché espone i valori per residuo di cui dipendono sia il conteggio sia la media.

Ogni residuo di questa classe è non polare nel senso che la sua catena laterale non porta carica formale né gruppi che formano legami a idrogeno, ed è una linea di confine difendibile. È anche soltanto una linea, e un’altra sarebbe difendibile a sua volta. Glicina e prolina sono contate qui, anche se il comportamento delle loro catene laterali in acqua è più complicato di quanto suggerisca un’etichetta singola, e una classificazione comoda per la tabulazione non è automaticamente la più informativa per una data domanda.

A che cosa serve bene il conteggio? A un’affermazione rapida e riproducibile sul carattere chimico di una sequenza e a un confronto fra sequenze descritte sulla stessa base. Non è una predizione. Una frazione idrofobica alta è associata a una solubilità acquosa scarsa e a una tendenza all’aggregazione, e l’associazione è abbastanza reale da valere la pena conoscerla, ma è un’associazione e non una soglia, e la concentrazione alla quale qualcosa accade non è in questo numero. Il calcolatore della carica netta cambia l’interpretazione di solito più di questo, perché a pH moderato a governare il comportamento è la carica e non l’idrofobicità.