ध्रुवीय अवशेष अंश कैलकुलेटर

यहाँ यह नाम ठीक एक बात बताता है: हाइड्रोजन बंध क्षमता वाली बाजू शृंखला जो उदासीन pH के आसपास कोई औपचारिक आवेश नहीं रखती। एस्पाराजिन, ग्लूटामिन, सेरिन, थ्रियोनिन, सिस्टीन और टायरोसिन इसी आधार पर योग्य हैं, और इनमें से हर एक बिना किसी आवेश की कीमत चुकाए पानी से हाइड्रोजन बंध बनाता है। परिभाषा में शब्द "अनावेशित" वास्तविक काम करता है, क्योंकि यही वह बात है जो इस वर्ग को आवेशित अवशेष अंश कैलकुलेटर से अलग करती है। दोनों मिलकर उन पेप्टाइड बाजू शृंखलाओं का वर्णन करते हैं जो विद्युत स्थिरवैद्युतिकी के अलावा किसी कारण से पानी से अंतरक्रिया करती हैं।

यह माप नहीं, परिभाषा है, और यह तब मायने रखती है जब गिनती शून्य निकले। यहाँ शून्य का अर्थ है कि कोई अनावेशित ध्रुवीय बाजू शृंखला मौजूद नहीं है। इसका अर्थ यह नहीं कि पेप्टाइड में कोई ध्रुवीय रसायन नहीं है, क्योंकि बाजू शृंखलाएँ जो कर रही हैं उससे स्वतंत्र रूप से हर पेप्टाइड बंध पर मूल शृंखला में हाइड्रोजन बंध समूह होते हैं। इन दोनों कथनों के बीच की दूरी बाजू शृंखला की सूची पढ़ने और अणु पढ़ने के बीच की दूरी है।

मूल शृंखला वही हिस्सा है जो बाहर रह जाता है, और छोटे पेप्टाइड के लिए वह चित्र का अधिकांश है। हर पेप्टाइड बंध एक हाइड्रोजन बंध दाता वाला एमाइड और एक ग्राही वाला कार्बोनिल जोड़ता है, और दोनों टर्मिनल एक मुक्त अमीनो और एक मुक्त कार्बोक्सिल जोड़ते हैं। इन सबका पैमाना लंबाई के साथ बदलता है, जबकि यह गिनती नहीं बदलती। आठ अवशेषों वाले पेप्टाइड में सात पेप्टाइड बंध होते हैं और इसलिए मूल शृंखला के सात दाता और ग्राही जोड़े होते हैं, और अनावेशित ध्रुवीय बाजू शृंखलाओं की संख्या आसानी से शून्य हो सकती है।

इनमें से किसी भी बात से गिनती ग़लत नहीं होती, और जो यह मापती है उसके लिए कोई बेहतर एकल संख्या नहीं है। इसका यह अर्थ ज़रूर है कि इस प्रतिशत को यह नहीं पढ़ा जा सकता कि अणु समग्र रूप से कितना ध्रुवीय है। इसे यह पढ़ा जा सकता है कि बाजू शृंखलाएँ कितना ध्रुवीय रसायन जोड़ती हैं, जो उस पेप्टाइड के लिए जिसे झिल्ली पार करनी हो या किसी सतह पर बैठना हो प्रायः वही राशि है जिसकी दरकार होती है। स्थानों की गिनती, द्रव्यमान की नहीं, इसके लिए सही रूप है, और औसत आणविक भार कैलकुलेटर वही है जहाँ द्रव्यमान वाला रूप आएगा।

हिस्टिडिन इस वर्ग में नहीं है। इसे क्षारीय गिना जाता है, क्योंकि वह प्रोटोन ग्रहण कर सकता है, और यह चुनाव कोई रासायनी आवश्यकता नहीं, एक परंपरा है। इमिडाज़ोल बाजू शृंखला अपने उदासीन रूप में पूरी तरह हाइड्रोजन बंध बना सकती है और सचमुच ध्रुवीय है, और उसके अपने pKa के पास अवशेषों का एक बड़ा हिस्सा ठीक उसी अवस्था में होता है। वर्गीकरण हिस्टिडिन को रेखा के आवेशित ओर रखता है और फिर उसे ऐसे गिनता है जैसे वह प्रोटोनयुक्त हो, जो उस pH पर जहाँ उसने अपना अधिकांश प्रोटोन दे दिया है, उसके योगदान को बढ़ा देता है।

वही परंपरा हिस्टिडिन को हाइड्रोफोबिक अंश से भी हटा देती है, क्योंकि वर्ग रचना से ही परस्पर बहिष्कृत हैं। यह जानना उचित है जब चार वर्ग प्रतिशत आपकी अपेक्षा के तरीके से नहीं जोड़ते, और यही कारण है कि ऐरोमैटिकिटी कैलकुलेटर भी उसे बाहर रखता है, भले ही इमिडाज़ोल वलय रसायनिक अर्थ में एरोमैटिक हो। यदि किसी सवाल को नाम के बजाय प्रोटोनन अवस्था चाहिए, तो शुद्ध आवेश कैलकुलेटर उसे उसी pH पर निकालता है जो आप दें।

दोनों चरम सूचक हैं और एक भी चेतावनी नहीं। शून्य का अर्थ है कि इस गिनती में हर ध्रुवीय योगदान मूल शृंखला से या औपचारिक आवेश से आ रहा है, जो अम्लीय खंड के आसपास बने पेप्टाइड के लिए एक वास्तविक और सामान्य स्थिति है। सौ का अर्थ है कि हर बाजू शृंखला अनावेशित ध्रुवीय है, कोई जलविरोधी नहीं है और कोई औपचारिक रूप से आवेशित अवशेष बिल्कुल नहीं, और इसलिए पानी में रहने या साथी से बंधन करने वाली किसी भी चीज़ के लिए यह तदनुसार असामान्य है। दोनों में से कोई आँकड़ा वह गुण नहीं है जिसका अनुक्रम बनाया गया था, और दोनों में कोई संकेत नहीं है कि पेप्टाइड उपयोगी है या नहीं।

यह गिनती उन बाजू शृंखलाओं की एक-दूसरे के सापेक्ष दिशा के बारे में कुछ भी नहीं कहती, और दिशा ही तय करती है कि उनके बीच हाइड्रोजन बंध बन भी सकता है या नहीं। एक जैसे ध्रुवीय अंश वाले दो पेप्टाइड वलित होने या साथी से बंधन करने पर बिल्कुल अलग हाइड्रोजन बंध ज्यामिति पेश कर सकते हैं, और गिनती उसके प्रति उतनी ही अंधी है जितनी दफनन के प्रति। उपयोगी पठन तुलनात्मक और मोटा है। बाकी सब बराबर हो तो अधिक ध्रुवीय अंश वाली शृंखला में बाजू शृंखला की अधिक हाइड्रोजन बंध क्षमता होती है, और यह एक वास्तविक अंतर है भले ही संख्या में कोई इकाई न हो और वह शक्ति या ज्यामिति के बारे में कुछ भी न बताए। जहाँ क्रमबद्धता नहीं, परिमाण चाहिए, वहाँ तालिका में दर्ज मानों पर औसत वही रूप है जो परिमाण देता है, और GRAVY हाइड्रोफोबिसिटी कैलकुलेटर वही पृष्ठ है जो उसे निकालता है।