ऐरोमैटिकिटी कैलकुलेटर

पूरी गणना तीन अक्षरों की गिनती को शृंखला की लंबाई से भाग देने पर टिकी है, और इसे सीधे-सादे कह देना उचित है, क्योंकि दो दशमलव स्थान तक छपा हुआ प्रतिशात दिखने में उससे कहीं अधिक सूचनात्मक लगता है जितना वास्तव में है। फेनिलएलनिन, ट्रिप्टोफैन और टायरोसिन गिने जाते हैं, बाकी हर अवशेष अनदेखा रहता है, और गिनती को अवशेष संख्या से भाग देकर सौ से गुणा कर दिया जाता है। कोई भार लागू नहीं होता, इसलिए एक ट्रिप्टोफैन और एक फेनिलएलनिन इस प्रतिशात में दोनों-दोनों एक-एक स्थान जोड़ते हैं, भले ही स्पेक्ट्रोफोटोमीटर में उनका व्यवहार इससे कहीं अधिक अलग हो।

क्योंकि हर भाग शृंखला की लंबाई है, वही एक प्रतिस्थापन हर अलग शृंखला पर अलग दिखने वाला अंक देता है। कोई एक अवशेष आ जाने या गायब हो जाने से चार अवशेष वाले पेप्टाइड का आंकड़ा पच्चीस प्रतिशत बिंदु हिलता है, और चालीस अवशेष वाले पेप्टाइड का ढाई प्रतिशत बिंदु। यह विधि की कोई विचित्रता नहीं है, यह लंबाई से भाग देने के अर्थ का ही परिणाम है। लंबाई बराबर दो शृंखलाएँ संघटन चाहे जो हो, वृद्धि हमेशा एक जैसी आती है, और परिणाम आश्चर्यजनक लगे तो यह याद रखने योग्य है। इसलिए कोई प्रतिशात केवल उसी दूसरे प्रतिशात से तुलनीय है जो उसी लंबाई पर निकाला गया हो।

यह लंबाई पेप्टाइड लंबाई कैलकुलेटर से आती है, और दोनों अंक एक ही शृंखला का वर्णन करने चाहिए। अनुक्रम में किसी अक्षर के रूप में लिखा गया टर्मिनल कैप गिना नहीं जाता, अस्वीकार कर दिया जाता है, इसलिए यहाँ हर भाग हमेशा अवशेष संख्या ही होता है, अवशेष संख्या एक जोड़ कभी नहीं। दो अवशेष वाले पेप्टाइड पर यह भेद पूरे उत्तर का एक तिहाई है, और किसी प्रतिशात पर भरोसा करने से पहले दोनों की आपस में जाँच लेना उचित है, क्योंकि गलत गिनी गई लंबाई ऐसा गलत प्रतिशात पैदा करती है जिसे प्रतिशात पर किए गए किसी भी अंकगणित से उजागर नहीं किया जा सकता। अमीनो अम्ल संघटन कैलकुलेटर गिनती और हिस्सेदारी दोनों साथ बताता है, जिससे दोनों की आपस में जाँच आसान हो जाती है।

तीनों अवशेषों को एक साथ गिनना उस एक ही बात को फेंक देता है जिसका उपयोग अल्ट्रावायलेट माप वास्तव में करता है। इस साइट पर लागू होने वाली सारणीबद्ध गुणांकों में एक ट्रिप्टोफैन 5500 जोड़ता है, एक टायरोसिन 1490 जोड़ता है, और एक फेनिलएलनिन मूलतः कुछ नहीं जोड़ता, क्योंकि उसका वलय दूर अल्ट्रावायलेट में अवशोषित करता है, 280 नैनोमीटर पर नहीं। इसलिए 75 प्रतिशत एरोमैटिक वाली शृंखला प्रबलता से अवशोषित कर सकती है या लगभग कुछ नहीं, और यह प्रतिशात आपको नहीं बता सकता कि दोनों में से आपके पास कौन सी स्थिति है। संरचनात्मक वर्गीकरण और स्पेक्ट्रोस्कोपिक वर्गीकरण अलग-अलग विचार हैं, और इनके बीच की दूरी ही वह जगह है जहाँ से आश्चर्य आते हैं।

दो आठ अवशेषों वाली शृंखलाएँ लीजिए, दोनों आधी एरोमैटिक। चार ट्रिप्टोफैन 22000 का गुणांक देते हैं, यानी 4 x 5500। चार टायरोसिन 5960 देते हैं, यानी 4 x 1490। दोनों स्थितियों में प्रतिशात 50 प्रतिशत पढ़ता है जबकि गुणांक लगभग साढ़े तीन गुना अलग हैं, इसलिए इनमें से किसी एक से निकाली गई कोई भी सांद्रता उसी गुणक से अलग होगी, और वह सिर्फ इसलिए कि कौन सा एरोमैटिक अवशेष इस्तेमाल हुआ। चार फेनिलएलनिन वाली तीसरी शृंखला भी 50 प्रतिशत पढ़ेगी और उस दौरान लगभग कुछ जोड़ेगी ही नहीं, और यही उसी बात का चरम रूप है। तीनों एरोमैटिक हैं; उस तरंगदैर्ध्य पर केवल एक ही बहुत अवशोषित करता है।

जब गिनती किसी माप को पोषित करने वाली है और किसी वर्णन की नहीं, तो प्रतिशात बदलने के बजाय सीधे विलोपन गुणांक कैलकुलेटर पर जाइए। यह प्रति अवशेष भार और डाइसल्फाइड पद लागू करता है और वही अंक देता है जिसे अवशोषण और पथ लंबाई के साथ जोड़ा जा सकता है। हिस्सेदारी को वापस गुणांक में बदलने के लिए लंबाई भी वापस निकालनी पड़ेगी, जो बिना किसी लाभ के साथ चलाने के लिए एक और अंक है। बीयर-लैम्बर्ट पर मार्गदर्शिका बताती है कि गुणांक का उपयोग कैसे होता है और कहाँ अंकगणित टिकना बंद कर देता है।

प्रतिशात स्थिति के प्रति अंधा है, और एरोमैटिक अवशेष सामान्यतः स्थिति में ही दिलचस्प होते हैं। छह अवशेषों के लगातार खंड के भीतर रखे तीन एरोमैटिक बाजू शृंखलाएँ उसी तरह व्यवहार करती हैं जैसे चालीस स्थितियों में बिखरी हुई वही तीन, क्योंकि सटीक मिले हुए रूप में वलय एक-दूसरे के साथ और अपने पड़ोसियों के साथ ढेर लगा सकते हैं। दोनों स्थितियों में गिनती एक जैसी है, इसलिए इस संख्या में ऐसा कुछ नहीं जो दोनों परिस्थितियों को अलग कर सके। किसी भी लंबाई के रेखीय पेप्टाइड के लिए यह मायने रखता है, क्योंकि न कोई वलय है जो अवशेषों को पास लाए, न कोई वलय जो उन्हें अलग रखे: कौन सी स्थिति में आप हैं, यह केवल अनुक्रम तय करता है।

यह उतना ही अंधा है कि वे बाजू शृंखलाएँ प्रकाश के लिए उपलब्ध हैं या नहीं। वलित संरचना में केंद्र में दबा हुआ एरोमैटिक अवशेष अवशोषण माप में अपनी गिनती से कहीं अधिक योग नहीं देता। छोटे रेखीय पेप्टाइड में कोई वलय नहीं होता इसलिए यह समस्या सामान्यतः नहीं रहती, पर समूहन यही काम कर देता है, क्योंकि गुटा हुआ नमूना प्रकाश को प्रकीर्णन करके ऊँचा पढ़ता है, और अवशेष गिनती में कोई बदलाव नहीं होता। यह भी ध्यान दिए रहने योग्य है कि ये अवशेष हाइड्रोफोबिक वर्ग के भीतर बैठते हैं, इसलिए यह प्रतिशात हाइड्रोफोबिक अवशेष अंश से ओवरलैप करता है, उसकी पूर्ति नहीं करता।

एक अकेले प्रतिस्थापन से वृद्धि होती है एक भाग लंबाई, गुणा सौ, और लंबी शृंखला पर यह इतनी छोटी हो जाती है कि छूट जाए। तीन ट्रिप्टोफैन वाली तीस अवशेष शृंखला 10 प्रतिशत एरोमैटिक बताती है। एक ट्रिप्टोफैन हटा दीजिए, तो यह 6.67 प्रतिशत बताएगी, जो वास्तव गिरावट जैसा लगता है जब तक आप यह नहीं देख लेते कि शृंखला वरना वही अणु है, बस एक स्थान बदली गई है। प्रतिशात आधा हो गया। अणु नहीं हुआ। यही अंकगणित दूसरी दिशा में भी चलता है, क्योंकि लंबी शृंखला में एक ट्रिप्टोफैन जोड़ने से गिनती में एक अवशेष जुड़ता है और प्रतिशात में ठीक वही छोटी वृद्धि होती है।

यही व्यावहारिक फँसा है इस आंकड़े को गुणवत्ता संकेत पढ़ने में, क्योंकि इस संख्या में ज्यादातर बदलाव रसायन से नहीं, लंबाई से आते हैं। शृंखला के बीच से एक खंड हटाने पर एरोमैटिक गिनती एक जैसी रह सकती है जबकि प्रतिशात केवल इसलिए चढ़ जाता है कि भाग छोटा हो गया। इसलिए यदि सवाल यह है कि अल्ट्रावायलेट माप पर्याप्त संवेदनशील होगा या नहीं, तो ट्रिप्टोफैन और टायरोसिन सीधे गिनिए; और यदि सवाल एरोमैटिक अंतरक्रियाओं के आसपास व्यवहार का है, तो एक अंक वाले हर आंकड़े को शोर मानिए और उसे शुद्ध आवेश कैलकुलेटर के साथ जोड़िए, जो कुछ ऐसा बताता है जो एरोमैटिक गिनती सच में नहीं बता सकती।