पेप्टाइड लंबाई कैलकुलेटर

अनुक्रम से निकालने योग्य लगभग कुछ भी लंबाई के बिना नहीं निकाला जा सकता, और इसीलिए एक ऐसा पृष्ठ जो सिर्फ एक पूर्णांक लौटाता है और कुछ नहीं, फिर भी अपनी जगह बनाए रखता है। प्रतिशत इससे भाग लेते हैं। औसत भी इससे भाग लेते हैं। ऐलिफैटिक सूचकांक कैलकुलेटर अपनी चार अवशेष गिनतियों को इसी से भाग देकर मोल प्रतिशत में बदलता है, और वहीं प्रतिशत और अंश के बीच फिसलना वह पुरानी त्रुटि है। शृंखला छोटी होने पर शुद्ध आवेश की गणना का स्वरूप भी बदल जाता है, क्योंकि तब दो टर्मिनल समूह हर मौजूदा आयनीकरण योग्य स्थान का एक बड़ा हिस्सा बन जाते हैं। इनमें से किसी भी अंक की जाँच उसके नीचे की गिनती के बिना नहीं हो सकती।

पार्सर द्वारा स्ट्रिंग स्वीकार होते ही इस गिनती में कोई इकाई नहीं और कोई अस्पष्टता नहीं रहती, और यही कारण है कि इसे निकालना अनुमान लगाने से बेहतर है। अनुमानित लंबाई लगभग हमेशा एक मान लेना होता है: किसी औसत अवशेष द्रव्यमान से भाग दिया गया द्रव्यमान, किसी डेटाशीट से उतारा गया आँकड़ा जिसमें टर्मिनल जल को अवशेष गिना गया था, या पाँच तक की सबसे निकट संख्या तक पूर्णांकित कोई उत्पाद नाम। ये तीन अलग-अलग तरह की गलतियाँ हैं, और तीनों ही तुरंत सामने आ जातीं यदि सामने रखे अक्षरों की सीधी गिनती से मिला लिया जाता।

लंबाई अवशेष परिवर्तन के प्रति अंधी है, और यही वह सीमा है जिसे याद रखने लायक है। एक अवशेष के स्थान पर दूसरा रखिए और स्थानों की हर गिनती वैसी ही रहती है, इसलिए यह पृष्ठ ऐसे दो अणुओं के लिए एक जैसा पूर्णांक लौटाता है जिनका रसायन शायद एक अक्षर भी साझा न हो। बराबर लंबाई वाले दो अनुक्रम शुद्ध आवेश, औसत हाइड्रोफोबिसिटी, एरोमैटिक अंश और पराबैंगनी अवशोषण में पूरी तरह अलग हो सकते हैं। यह अंक जो तय करता है वह आकार का वर्ग है। यह कभी नहीं तय करता कि पहचान क्या है, और इसे कितनी भी सावधानी से पढ़ा जाए, इस पर कोई फर्क नहीं पड़ता।

उसी दिशा में एक दूसरी अंधापन भी है, और यही कारण है कि द्रव्यमान से अनुक्रम अनुमानक की उलटी गणना उत्तर के बजाय अनुमान देती है। ल्यूसिन और आइसोल्यूसिन औसत और मोनोआइसोटोपिक दोनों पैमानों पर समद्रव्यमानी हैं, इसलिए द्रव्यमान किसी एक वाली शृंखला को किसी दूसरी वाली से अलग नहीं कर सकता, और अवशेष गिनती भी नहीं। जब सवाल इन दोनों में भेद करने पर टिका हो, तो अवशेष तालिकाओं से चलने वाला कोई भी कैलकुलेटर उसे निपटा नहीं सकता। यह सीधे कह देना एक आत्मविश्वासपूर्ण अंक से अधिक उपयोगी है।

n अवशेषों की शृंखला में n घट 1 पेप्टाइड बंध होते हैं, और इसका कारण परंपरा नहीं, संरचना है। शृंखला रेखीय होती है। प्रत्येक भीतरी अवशेष दो पड़ोसियों से जुड़ा होता है और प्रत्येक टर्मिनल अवशेष केवल एक से, इसलिए कड़ियों की संख्या हमेशा स्थानों की संख्या से एक कम रहती है। वही एक की कमी रसायन में भी दोबारा आती है: आपस में जुड़े n अवशेष ठीक n घट 1 जल अणु खो चुके होते हैं, और इसीलिए आणविक भार मुक्त अमीनो अम्ल द्रव्यमानों के योग के बजाय अवशेष द्रव्यमानों के योग में एक जल होता है।

इनमें से हर संख्या कहीं न कहीं काम आती है, और इन्हें मिला देना गलत होने का भरोसेमंद तरीका है। अनुक्रम से पेप्टाइड का आणविक भार कैसे निकालें यह अंकगणित पूरा करती है और औसत आणविक भार कैलकुलेटर उसे कर देता है। बनाने लायक आदत यह है कि लंबाई एक बार लिख लीजिए और बंध तथा जल की गिनती उससे निकाल लीजिए, न कि उन्हें दोबारा आँख से गिनिए, क्योंकि स्क्रीन से दो बार पढ़ी गई शृंखला वही शृंखला है जो दो बार अलग पढ़ी जा सकती है।

गिनती आकार है और बाकी हर बात पर चुप है। यह नहीं बताता कि शृंखला वलन करती है या नहीं, घुलती है या नहीं, उसके सिरे कैप्ड हैं या नहीं, उस पर आवेश है या नहीं, या यह कि आपके सामने रखा नमूना वह अणु है भी या नहीं। एक जैसी लंबाई वाले दो पेप्टाइड बिल्कुल अलग व्यवहार कर सकते हैं, और व्यवहार से जुड़ा हर वर्णक को संघटन भी चाहिए। यही कारण है कि GRAVY हाइड्रोफोबिसिटी कैलकुलेटर लंबाई को अनदेखा करने के बजाय उससे भाग देता है: लंबाई ही एक योग को प्रति अवशेष औसत में बदल देती है।

व्यावहारिक उपयोग इसे परिणाम नहीं, द्वार की तरह मिलाता है। यदि लंबाई वह नहीं है जो आपकी शेष गणना मान लेती है, तो आगे का हर प्रतिशत और हर औसत चुपचाप ग़लत होता है, और बाद के चरणों में कितनी भी सावधानी बरत ली जाए, वह वापस नहीं आता। यदि लंबाई सही है और अनुक्रम के बाकी किसी बात पर अपेक्षा से मेल नहीं खाता, तो यह पूरी तरह दूसरी समस्या है, और शुरुआत अवशेष सूची से करनी चाहिए, गिनती से नहीं।