विलोपन गुणांक कैलकुलेटर

यह गुणांक अकेले अणु का गुण नहीं है। यह अणु का एक तरंगदैर्ध्य पर गुण है, इसीलिए कहीं भी उद्धृत हर गुणांक अपना तरंगदैर्ध्य साथ लिए होता है, और इसीलिए 280 नैनोमीटर का मान 214 नैनोमीटर पर लिए गए पठन की व्याख्या नहीं कर सकता। गणना स्वयं एक भारित गिनती है: हर ट्रिप्टोफैन 5500 जोड़ता है, हर टायरोसिन 1490 जोड़ता है, और सिस्टीन का हर डाइसल्फाइड बंधित युग्म 125 जोड़ता है, सब कुछ उलट मोलर सेंटीमीटर में। यहाँ फेनिलएलनिन कुछ नहीं जोड़ता, क्योंकि उसका वलय मानक तरंगदैर्ध्य से अधिक दूर अल्ट्रावायलेट में अवशोषित करता है।

उस सूची के बारे में सबसे शिक्षाप्रद बात यह है कि यह अनुक्रम का कितना छोटा हिस्सा इस्तेमाल करती है। एक ही लंबाई के दो पेप्टाइड, जिनमें ट्रिप्टोफैनों की संख्या एक जैसी हो और सिस्टीन युग्मों की संख्या भी एक जैसी हो, ठीक एक जैसा गुणांक देते हैं, चाहे बाकी अवशेष पूरी तरह अलग हों। अम्लीय अवशेषों की शृंखला और क्षारीय अवशेषों की शृंखला इस मॉडल को एक जैसी दिखती हैं। यही कारण है कि यह संख्या सांद्रता माप के लिए उपयोगी है और अणु के वर्णन के लिए खराब, और इस्तेमाल से पहले यह जान लेना उचित है कि आपके हाथ में इनमें से कौन सी चीज़ है।

डाइसल्फाइड पद ही वह एकल इनपुट है जिसे अनुक्रम से नहीं पढ़ा जा सकता। कोई सिस्टीन मुक्त हो सकता है, दूसरे सिस्टीन के साथ युग्म बना सकता है, या पूरी तरह किसी और चीज़ से जुड़ा हो सकता है, और योग केवल युग्म वाला रूप देता है। एक अक्षर वाला अनुक्रम इन स्थितियों में भेद नहीं कर सकता, इसलिए गिनती अनुमान से नहीं, हाथ से दी जाती है, और इसीलिए यह फ़ील्ड इस फ़ॉर्म पर मौजूद है। सिस्टीनों की संख्या भरने का अर्थ है कि हर एक को साथी मिल गया, और विषम संख्या में यह संभव नहीं है। ऐरोमैटिकिटी कैलकुलेटर उन अवशेषों की गिनती करता है जो बाकी योग को चलाते हैं।

ये गुणांक पूर्णतः अपचयित और पूर्णतः विकृत पद पर मापे गए थे, और मॉडल तब तक मान्य है जब तक कोई माप उन शर्तों को दोहराता है। विकृत करने से वे एरोमैटिक बाजू शृंखलाएँ खुल जाती हैं जो वरना वलित संरचना के भीतर रहतीं, और अपचयन डाइसल्फाइड तोड़ता है ताकि हर सिस्टीन पद एक बार गिना जाए। अभी भी वलित नमूना मॉडल की भविष्यवाणी से कम अवशोषित करता है, इसलिए उससे पढ़ी गई सांद्रता कम आती है। यह ज्ञात दिशा वाला व्यवस्थित पक्षपात है, यादृच्छिक बिखराव नहीं, और दिशा पहले से जान लेना ही इसे सुधारने योग्य बनाता है: नमूना विकृत कीजिए, या परिणाम को सांद्रता के बजाय निचली सीमा के रूप में पढ़िए।

दूसरी मान्यता यह है कि क्यूवेट में एरोमैटिक बाजू शृंखलाएँ ही एकमात्र अवशोषक प्रजाति हैं। 280 नैनोमीटर पर अवशोषित करने वाली कोई भी और चीज़ पेप्टाइड पर लगा दी जाती है, इसलिए वास्तविक अवशोषण वाला बफर, अपवर्तक का थोड़ा अंश, या सूक्ष्म कणों का निलंबन सब पठन ऊँचा ले जाते हैं, और उससे निकली सांद्रता भी साथ। उपाय वही रहता है: उसी विलायक से, पेप्टाइड के बिना, बना हुआ रिक्त माप। बहुत सारा पेप्टाइड काम ठीक इसी कारण से अम्लीय परिस्थितियों में किया जाता है, क्योंकि कम pH कई बफर घटकों का अवशोषण दबा देता है, उसमें जोड़ता नहीं, और बीयर-लैम्बर्ट पर मार्गदर्शिका माप को और क्या चाहिए, बाकी सब रखती है।

तीसरी मान्यता यह है कि वर्णक एक-दूसरे से स्वतंत्र व्यवहार करते हैं। मॉडल हर एरोमैटिक वलय को एक स्थिर गुणांक देता है और इनमें से किसी का कोई सुधार नहीं करता: दो वलय साथ-साथ बैठे हों, कोई वलय हाइड्रोफोबिक भीतर दबा हो, या नमूना क्यूवेट में संगठित हो गया हो। जिन स्थितियों के लिए यह विधि बनी थी, उनमें ये सुधार छोटे हैं। समूहन कर रहे पेप्टाइड के लिए इनमें से एक भी छोटा नहीं है, और समूहन ही वह विफलता का तरीका है जो बाहर से सबसे कठिन ढंग से दिखता है, क्योंकि स्पेक्ट्रम फिर भी एक स्वच्छ अवशोषण पट्टी जैसा दिखता रहता है जिसका आकार यथार्थवत लगता है।

ऐसे पेप्टाइड में जिसमें न ट्रिप्टोफैन हो न टायरोसिन, योग केवल डाइसल्फाइड पद तक सिमट जाता है। ऐसा अपचयित पेप्टाइड जिसमें कोई सिस्टीन युग्म न हो, उसका गुणांक ठीक शून्य होता है, और नियम फिर कहता है कि कोई भी सांद्रता अवशोषण शून्य देगी। यह अंकगणित का बिगड़ना नहीं है। यह सही-सालाम यह कथन है कि यह माप क्यूवेट में कितना पेप्टाइड है, इसकी कोई जानकारी नहीं रखता। एक टायरोसिन इसे पूरी तरह बदलने के लिए काफ़ी है, और एक बंधित सिस्टीन युग्म भी, और इसीलिए पेप्टाइडों में अक्सर जानबूझकर एक जोड़ा जाता है।

नियम से सांद्रता निकालने पर मापा गया अवशोषण गुणांक और पथ लंबाई के गुणनफल से भाग दिया जाता है, इसलिए शून्य के पास पहुँचता गुणांक बहुत बड़ा और बहुत भरोसेमंद दिखने वाला अंक पैदा करता है जो पूरी तरह शोर से बना होता है। परिणाम में ऐसा कुछ नहीं जो पृष्ठ पर ग़लत दिखे। बीयर लैम्बर्ट सांद्रता कैलकुलेटर इसी कारण से शून्य या ऋणात्मक गुणांक को सीधे अस्वीकार कर देता है, और यह अस्वीकारना कोई असुविधा नहीं, उपयोगी उत्तर है। छोटा पर शून्य के बराबर नहीं गुणांक लगभग उतना ही बुरा है, क्योंकि वह उसी त्रुटि को समाप्त करने के बजाय और बढ़ा देता है, और यह वृद्धि पूरी तरह मौन रहती है।

ऐसे पेप्टाइड के लिए सांद्रता अनुक्रम से जानी नहीं जा सकती। अक्षरों पर कोई भी अंकगणित इसे नहीं निकाल सकता, और किसी विशेष पेप्टाइड के लिए कोई विशेष आंकड़ा या तो किसी माप से आना चाहिए या उसी ठीक अणु का वर्णन करने वाले किसी उद्धृत स्रोत से, और इनमें से किसी को यह साइट नहीं दे सकती। जो कहा जा सकता है वह समस्या का आकार है: विकल्प या तो ऐसी पहचान विधि है जो किसी और चीज़ पर प्रतिक्रिया करे, या ऐसा तरंगदैर्ध्य जहाँ नमूने का कुछ भाग सच में अवशोषित करता है। इसे सीधे कहना किसी यथार्थवत आंकड़े से अधिक उपयोगी है, क्योंकि ग़लत गुणांक सीधे सांद्रता में, और फिर उस सांद्रता से निकाले गए हर तनुकरण में पहुँच जाता है।

यह संख्या केवल मोलर गुणांक के रूप में नहीं रहती। इसे औसत मोलर द्रव्यमान से भाग दीजिए, तो द्रव्यमान विलोपन गुणांक मिलता है, जिसे परिपाटि से mL g^-1 cm^-1 में लिखा जाता है, और यही वह रूप है जो प्रति लीटर मोल के बजाय प्रति लीटर ग्राम में दी सांद्रता के साथ जुड़ता है। अंकगणित सीधा है: औसत मोलर द्रव्यमान लगभग 611 वाले पेप्टाइड के लिए 12615 का गुणांक लगभग 20.7 का द्रव्यमान गुणांक देता है। औसत आणविक भार कैलकुलेटर इन दोनों में से दूसरा अंक देता है, और वापस बदलना उतना ही भाग उल्टी दिशा में लगाना है, इसलिए जब तक दोनों के लिए एक ही मोलर द्रव्यमान इस्तेमाल हो, दोनों रूप कभी असहमत नहीं हो सकते।

दोनों रूपों को मिला देना इस विषय की स्थायी गलती है, और यह किसी छोटे गुणक से नहीं, मोलर द्रव्यमान के हिसाब से ग़लत होती है, जो इसे इतने लंबे समय तक अनदेखा रहने देती है। द्रव्यमान सांद्रता बनाम मोलरिटी पर मार्गदर्शिका रूपांतरण के नीचे बैठे दोनों सांद्रता इकाइयों के बीच के संबंध को रखती है, और बीयर-लैम्बर्ट अवशोषण कैलकुलेटर में द्रव्यमान सांद्रता डालने पर आपको नतीजे से हुई त्रुटि का आकार सीधे दिख जाता है, बजाय इसके कि वह आपके विचार पर छोड़ दी जाए। आउटपुट फिर भी अवशोषण है, फिर भी विमीय रहित है, और केवल कई सौ गुना बाहर है।