বিলুপ্তি সহগ ক্যালকুলেটর

গুণাঙ্কটি একা অণুটির কোনো বৈশিষ্ট্য নয়। এটি অণুটির একটি নির্দিষ্ট তরঙ্গদৈর্ঘ্যে বৈশিষ্ট্য, যে কারণেই যেকোনো জায়গায় উদ্ধৃত প্রতিটি গুণাঙ্কের পাশে তার তরঙ্গদৈর্ঘ্য থাকে, আর যে কারণেই 280 ন্যানোমিটারের মান 214 ন্যানোমিটারে নেওয়া পাঠ ব্যাখ্যা করতে ব্যবহার করা যায় না। হিসাবটি নিজে একটি ওজনযুক্ত গণনা: প্রতিটি ট্রিপটোফ্যান 5500 যোগ করে, প্রতিটি টাইরোসিন 1490 যোগ করে, আর প্রতিটি ডিসালফাইড বন্ধনযুক্ত সিস্টিনের জোড়া 125 যোগ করে, সবই মোলের বিপরীত সেন্টিমিটারে। ফিনাইলঅ্যালানিন এখানে কিছুই যোগ করে না, কারণ তার বৃত্ত মানক তরঙ্গদৈর্ঘ্যের চেয়ে অতিবেগীর আরও ভেতরে শোষণ করে।

সেই তালিকা সম্পর্কে সবচেয়ে শিক্ষণীয় বিষয় হলো এতে অনুক্রমের কত সামান্য অংশ ব্যবহৃত হয়। একই দৈর্ঘ্যের দুটি পেপটাইড, যেগুলোতে ট্রিপটোফ্যানের সংখ্যা আর সিস্টিন জোড়ার সংখ্যা একই, হুবহু একই গুণাঙ্ক ফেরত দেয়, বাকি অবশিষ্টগুলো যত ভিন্ন হোক। আম্লীয় অবশিষ্টের একটি শৃঙ্খল আর ক্ষারীয় অবশিষ্টের একটি শৃঙ্খল এই মডেলের কাছে এক। এটিই সেই কারণ যে সংখ্যাটি সন্দর্ধনা মাপে ব্যবহারযোগ্য আর অণুর একটি খারাপ বর্ণনা, আর এটি ব্যবহারের আগে জানা ভালো যে আপনার হাতে এই দুটির কোনটি আছে।

ডিসালফাইড পদটিই একমাত্র ইনপুট যা অনুক্রম থেকে পড়া যায় না। একটি সিস্টিন মুক্ত থাকতে পারে, দ্বিতীয় সিস্টিনের সঙ্গে জোড়া বেঁধে থাকতে পারে, বা সম্পূর্ণ অন্য কিছুর সঙ্গে যুক্ত থাকতে পারে, আর শুধু জোড়া বাঁধা রূপটিই অবদান রাখে। এক অক্ষরের অনুক্রম এই ক্ষেত্রগুলো আলাদা করতে পারে না, তাই সংখ্যাটি অনুমান নয়, হাতে বসানো হয়, যে কারণেই এই ফর্মে এই ঘরটির অস্তিত্ব। সিস্টিনের সংখ্যা বসানো মানে ধরে নেওয়া যে ওদের প্রত্যেকেই একটি জোড়ি পেয়েছে, আর বিজোড় সংখ্যা সেটাকে অসম্ভব করে তোলে। অ্যারোম্যাটিকতা পাতা সেই অবশিষ্টগুলো গোনে যা বাকি মোটকে নিয়ে যায়।

এই গুণাঙ্কগুলো পুরোপুরি রিডিউসড আর পুরোপুরি ডিনেচার্ড পদার্থের ওপর মাপা হয়েছিল, আর একটি মাপ যতটা ওই শর্তগুলো পুনরায় তৈরি করে ততটাই মডেলটি বৈধ। ডিনেচার করলে সেই অ্যারোম্যাটিক পার্শ্ব শৃঙ্খলগুলো প্রকাশ পায় যারা নয়তো ভাঁজ হওয়া গঠনের ভেতরে বসে থাকত, আর রিডিউস করলে ডিসালফাইড ভেঙে যায় যাতে প্রতিটি সিস্টিন পদ একবারই গোনা হয়। এখনো ভাঁজ হওয়া অবস্থায় মাপা নমুনা মডেলের অনুমানের চেয়ে কম শোষণ করে, তাই তা থেকে পঠিত সন্দর্ধনা কম পড়ে। এটি এলোমেলো ছড়িয়ে যাওয়া নয়, জানা দিকনির্দেশসহ একটি পদ্ধতিগত পক্ষপাত, আর দিকটি আগে থেকে জানাই সংশোধনযোগ্য করে তোলে: নমুনাটি ডিনেচার করুন, অথবা ফলাফলটিকে সন্দর্ধনা নয়, একটি নিম্নসীমা হিসেবে পড়ুন।

দ্বিতীয় অনুমান হলো যে কিউভেটের ভেতরে অ্যারোম্যাটিক পার্শ্ব শৃঙ্খলগুলিই একমাত্র শোষক। 280 ন্যানোমিটারে যেকোনো অন্য কিছু শোষণ করলে সেটি পেপটাইডের ওপর চাপিয়ে দেওয়া হয়, তাই নিজস্ব অ্যাবজরবেন্সযুক্ত একটি বাফার, একটুকরো পরিষ্কারক, বা সূক্ষ্ম কণার ঝোলা, সবই পাঠ ওঠায় আর সেখান থেকে বের করা সন্দর্ধনাও ওঠায়। প্রতিকার হলো একই দ্রাবক দিয়ে, কিন্তু পেপটাইড ছাড়া, একটি ব্ল্যাঙ্ক তৈরি করা। অনেক পেপটাইড কাজই ঠিক এই কারণেই অম্লীয় শর্তে করা হয়, কারণ কম পিএইচ অনেক বাফারের উপাদানের অ্যাবজরবেন্সকে দমিয়ে রাখে, তাতে যোগ না করে, আর বিয়ার ল্যাম্বার্টের কাজের নির্দেশিকা বাকি সব বলে যা এই মাপের আরও দরকার।

তৃতীয় অনুমান হলো ক্রোমোফোরগুলো পরস্পরের সঙ্গে স্বাধীনভাবে আচরণ করে। মডেলটি প্রতিটি অ্যারোম্যাটিক বৃত্তকে একটি নির্দিষ্ট গুণাঙ্ক দেয় আর দুটি বৃত্ত পাশাপাশি বসে থাকলে, একটি বৃত্ত হাইড্রোফোবিক ভেতরে ঢাকা থাকলে, বা নমুনা কিউভেটের ভেতরে সংগত হয়ে গেলে, কোনো সংশোধন করে না। যেসব ক্ষেত্রে পদ্ধতিটি তৈরি হয়েছিল, সেখানে এই সংশোধনগুলো ছোট। সমচয় করা একটি পেপটাইডের ক্ষেত্রে এরা একেবারেই ছোট নয়, আর সমচয়ই সেই ব্যর্থতার ধরন যা বাইরে থেকে ধরা সবচেয়ে কঠিন, কারণ স্পেকট্রামটি এখনো যুক্তিসঙ্গত আকৃতিসহ একটি পরিষ্কার শোষণ ব্যান্ডের মতোই দেখতে থাকে।

যে পেপটাইডে ট্রিপটোফ্যান নেই আর টাইরোসিনও নেই, তার মোট নামে এসে ডিসালফাইড পদটিই থেকে যায়। তাই সিস্টিনহীন একটি রিডিউসড পেপটাইডের গুণাঙ্ক ঠিক শূন্য হয়, আর তখন সূত্রটি বলে যে যেকোনো সন্দর্ধনা, কতই হোক, অ্যাবজরবেন্স শূন্যই দেয়। এটি গণিত ভেঙে পড়া নয়। এটি সঠিক বক্তব্য যে এই মাপে কিউভেটে কত পেপটাইড আছে সে সম্পর্কে কোনো তথ্য নেই। একটি টাইরোসিনই তা পুরোপুরি বদলে দিতে পারে, আর একটি বাঁধা সিস্টিন জোড়াও তাই পারে, যে কারণেই পেপটাইডগুলোতে প্রায়ই একটি রাখার জন্য প্রকৌশল করা হয়।

সূত্রটিকে সন্দর্ধনার জন্য সমাধান করলে মাপা অ্যাবজরবেন্সকে গুণাঙ্ক আর পথ দৈর্ঘ্যের গুণফল দিয়ে ভাগ করতে হয়, তাই শূন্যের কাছাকাছি একটি গুণাঙ্ক এমন একটি সংখ্যা তৈরি করে যা অতিরিক্ত বড় আর অতিরিক্ত নিশ্চিত দেখায়, আর সেটি সম্পূর্ণ নয়েজ দিয়ে তৈরি। ফলাফলের দিক থেকে পাতায় কোথাও কিছু ভুল দেখায় না। বিয়ার ল্যাম্বার্ট সন্দর্ধনা ক্যালকুলেটর সেই কারণেই শূন্য বা ঋণাত্মক গুণাঙ্ক সরাসরি গ্রহণ করে না, আর এই অস্বীকারটিই বিচার দেওয়া হলে অসুবিধা নয়, উত্তর। ছোট কিন্তু শূন্য নয় এমন গুণাঙ্ক প্রায় সমান ক্ষতিকর, কারণ এটি একই ভুলকে বাদ দেওয়ার বদলে বাড়িয়ে দেয়, আর বৃদ্ধিটি একেবারেই নীরব।

এ ধরনের পেপটাইডের ক্ষেত্রে অনুক্রম থেকে সন্দর্ধনা জানা যায় না। অক্ষরগুলোর ওপর করা কোনো গণিত সেটি বের করতে পারে না, আর কোনো নির্দিষ্ট পেপটাইডের জন্য কোনো নির্দিষ্ট সংখ্যা আসতে হলে সেটি একটি মাপ থেকে বা ঠিক সেই অণু বর্ণনাকারী উদ্ধৃত উৎস থেকে আসতে হতো, যা এর কোনোটিই এই সাইট দিতে পারে না। বলা যায় তবে সমস্যার আকৃতি: বিকল্পগুলো হলো অন্য কিছুতে সাড়া দেয় এমন একটি শোষণ পদ্ধতি, অথবা এমন একটি তরঙ্গদৈর্ঘ্যে নেওয়া মাপ যেখানে নমুনার অংশ অন্তত শোষণ করে। এটি সোজাসাপটা বলা যুক্তিসঙ্গত একটি সংখ্যার চেয়ে বেশি উপযোগী, কারণ একটি ভুল গুণাঙ্ক সরাসরি একটি সন্দর্ধনায় এবং তারপর সেই সন্দর্ধনা থেকে বের করা প্রতিটি অপসারণে ছড়িয়ে যায়।

মোলার গুণাঙ্ক এই সংখ্যার একমাত্র রূপ নয়। একে গড় মোলার ভরে ভাগ করলে একটি ভর বিলুপ্তি গুণাঙ্ক পাওয়া যায়, যা প্রচলিতভাবে mL g^-1 cm^-1 লেখা হয়, আর এটিই সেই রূপ যা মোল প্রতি লিটারের বদলে গ্রাম প্রতি লিটারে প্রকাশিত সন্দর্ধনার সঙ্গে মেলে। গণিতটি সরল: গড় মোলার ভর প্রায় 611 একটি পেপটাইডের জন্য 12615 গুণাঙ্ক ভর বিলুপ্তি গুণাঙ্ক প্রায় 20.7 দেয়। গড় আণবিক ভর ক্যালকুলেটর ওই দুটি সংখ্যার দ্বিতীয়টি দেয়, আর উল্টো রূপান্তর হলো উল্টো দিকে একই ভাগ, তাই দুটো রূপ কখনো দ্বন্দ্ব করতে পারে না যদি দুটোতেই একই মোলার ভর ব্যবহার করা হয়।

দুটি রূপ গুলিয়ে ফেলা এই বিষয়ের স্থায়ী ভুল, আর এটি ছোট কোনো গুণের চেয়ে নয়, মোলার ভরের পরিমাণে ভুল, যে কারণেই এটি এত দিন চোখ এড়াতে পারে। ভরের সন্দর্ধনা বনাম মোলারিটির নির্দেশিকা বলে রূপান্তরের নিচে থাকা দুটি সন্দর্ধনার এককের সম্পর্কটি কী, আর বিয়ার ল্যাম্বার্ট অ্যাবজরবেন্স ক্যালকুলেটর -এ ভরের সন্দর্ধনা দিলে ফলে আসা ভুলের আকার সরাসরি দেখা যায়, না যে আপনাকে নিজে যুক্তি দিয়ে বুঝতে হয়। ফলাফলটি তখনও একটি অ্যাবজরবেন্স, তখনও এককহীন, আর সরাসরি কয়েকশো গুণের পার্থক্যে ভুল।