GRAVY स्कोर = सभी अवशेषों के काइट-डूलिटल मानों का योग / कुल अवशेष संख्या: यह एक संख्या है जो दर्शाती है कि पेप्टाइड अनुक्रम औसतन हाइड्रोफोबिक (जल-विरोधी) है या हाइड्रोफिलिक (जल-स्नेही), जहाँ धनात्मक मान हाइड्रोफोबिक और ऋणात्मक मान हाइड्रोफिलिक अनुक्रम दर्शाता है।
काइट-डूलिटल पैमाना
1982 में काइट और डूलिटल ने 20 मानक अमीनो एसिड के लिए हाइड्रोपैथी मान प्रकाशित किए। सकारात्मक मान हाइड्रोफोबिक अवशेषों को दर्शाते हैं (आइसोल्यूसीन +4.5, वेलिन +4.2), और नकारात्मक मान हाइड्रोफिलिक अवशेषों को (आर्जिनिन -4.5, लाइसिन -3.9)।
GRAVY स्कोर की गणना कैसे करें?
GRAVY = सभी अवशेषों के काइट-डूलिटल मानों का योग / कुल अवशेष संख्याGRAVY हाइड्रोफोबिसिटी कैलकुलेटर सीधे यह औसत निकालता है। धनात्मक मान हाइड्रोफोबिक अनुक्रम दर्शाता है और ऋणात्मक मान हाइड्रोफिलिक अनुक्रम।
रासायनिक वर्ग के आधार पर अनुपात
हाइड्रोफोबिक अवशेष अंश कैलकुलेटर गैर-ध्रुवीय और एरोमैटिक अवशेषों का प्रतिशत बताता है। ध्रुवीय अवशेष अंश कैलकुलेटर ध्रुवीय अवशेषों का प्रतिशत मापता है।
एलिफैटिक इंडेक्स: तापीय स्थिरता
इकाई (1980) द्वारा विकसित एलिफैटिक इंडेक्स चार अमीनो एसिड (एलेनिन, वेलिन, आइसोल्यूसीन, ल्यूसीन) के सापेक्ष आयतन को मापता है:
एलिफैटिक इंडेक्स = %Ala + 2.9 x %Val + 3.9 x (%Ile + %Leu)एलिफैटिक इंडेक्स कैलकुलेटर थर्मोस्टेबिलिटी के संकेतक के रूप में इस सूत्र का उपयोग करता है।
बोमन इंडेक्स: प्रोटीन अंतःक्रिया क्षमता
बोमन (2003) इंडेक्स गाय (1985) के जल-ऑक्टेनॉल ट्रांसफर मानों पर आधारित है:
बोमन इंडेक्स = प्रत्येक अवशेष की ट्रांसफर ऊर्जा का औसतबोमन इंडेक्स कैलकुलेटर प्रोटीन-बाइंडिंग क्षमता का आकलन करता है।
संक्षेप में
संक्षेप में: GRAVY = सभी अवशेषों के काइट-डूलिटल मानों का योग / कुल अवशेष संख्या, धनात्मक मान हाइड्रोफोबिक और ऋणात्मक मान हाइड्रोफिलिक पेप्टाइड दर्शाता है।
वैज्ञानिक साहित्य और संदर्भ
- Kyte, J., & Doolittle, R. F. (1982). A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. Journal of Molecular Biology, 157(1), 105-132. PubMed PMID: 7108955. मूल GRAVY स्कोर सूत्र।
- Ikai, A. (1980). Thermostability and aliphatic index of globular proteins. Journal of Biochemistry, 88(6), 1895-1898. PubMed PMID: 7462208. एलिफैटिक इंडेक्स की परिभाषा।
- Boman, H. G. (2003). Antibacterial peptides: basic facts and emerging concepts. Journal of Internal Medicine, 254(3), 197-215. PubMed PMID: 12930229. बोमन इंडेक्स सूत्र।
- Guy, H. R. (1985). Calculating and displaying the hydrophobicity of amino acid sequences. Biophysical Journal, 47(1), 61-70. PubMed PMID: 3978203. जल-ऑक्टेनॉल ऊर्जा पैमाना।