बोमैन सूचकांक कैलकुलेटर

यह विधि बीसों अवशेषों में से हर एक के लिए पानी से हाइड्रोफोबिक वातावरण तक अंतरण की एक प्रकाशित मुक्त ऊर्जा लेती है, इन बीसों संख्याओं को जितनी दूर शृंखला जाती है जोड़ती है, और लंबाई से भाग देती है। इसके नीचे का विचार ठीक है और उसे कहना उचित है, क्योंकि यही एकमात्र कारण है कि गुणांकों की कोई सारणी कुछ कह सकती है: बंधन अंतरसतह में या झिल्ली में बैठा अवशेष पानी छोड़ चुका होता है, और पानी छोड़ने की मुक्त ऊर्जा की कीमत हर अंतरक्रिया को चुकानी पड़ती है। बीसों प्रति अवशेष कीमतों को जोड़ने से किसी भी शृंखला के लिए एक ही तुलनीय अंक मिलता है।

यह संख्या क्या है: एक अकेले संकीर्ण उद्देश्य की स्क्रीनिंग अंक, यानी किसी भी प्रयोग से पहले अनुक्रमों को एक क्रम में बाँटना। यह माप नहीं है। आपके पेप्टाइड पर कुछ भी मापा नहीं गया, और इस मान से बंधन के बारे में, क्षमता के बारे में या किसी व्यवस्था में किसी प्रभाव के बारे में कोई दावा नहीं निकलता। यह वह एक काम कर सकता है जो वास्तव में जायज़ है, उम्मीदवारों की सूची को इस तरह क्रमबद्ध करना कि अगले चरण की मेहनत वाले सिरे पर लगे, उसके उल्टे सिरे पर नहीं। क्रम बनाना और मापना अलग क्रियाएँ हैं, और यह भेद तब सबसे आसान खो जाता है जब कोई संख्या किसी पृष्ठ पर इकाई पहनकर दिखने लगती है।

यह क्रम उतना ही अच्छा है जितनी उसके पीछे की सारणी। उस सारणी का हर प्रविष्टि स्वयं एक फिट किया हुआ या मापा गया परिमाण है, अपनी शर्तों सहित, और एक से अधिक प्रकाशित अवशेष सारणी मौजूद हैं। इसलिए दो उपकरण एक ही अनुक्रम पर असहमत हो सकते हैं जबकि दोनों अपनी-अपनी सारणी सही-सालाम लागू कर रहे हों, और कोई टूटा नहीं है। असहमति से निपटने का उपयोगी तरीका यह है कि देखिए कि हर उपकरण ने कौन सी सारणी इस्तेमाल की, और इसमें अमीनो अम्ल संघटन कैलकुलेटर मदद करता है क्योंकि वह आपको कच्ची गिनतियाँ देता है, जिन्हें हाथ से दोनों में से किसी के विरुद्ध दोबारा निकाला जा सकता है।

चिह्न यहाँ गलत होने वाली सबसे आसान एकल चीज़ है, क्योंकि प्रकाशित सारणियाँ सभी एक ही दिशा में नहीं चलतीं। हाइड्रोफोबिक वातावरण पसंद करने वाले अवशेष मूल सारणी के एक सिरे पर बैठे हैं, और उनमें ट्रिप्टोफैन तथा फेनिलएलनिन हैं, जबकि छोटे और ध्रुवीय अवशेष शून्य पर या उसके पास और दूसरे सिरे पर बैठे हैं। कुछ स्रोत उस सारणी को सीधे उद्धृत करते हैं और कुछ उसका ऋणात्मक, ताकि बड़ा अंक अधिक क्षमता के रूप में पढ़े। दोनों परिपाटियाँ प्रचलित हैं, और एक ही मूल परिमाण साहित्य में तथा अलग-अलग उपकरणों में विपरीत चिह्न के साथ दिखता है।

व्यावहारिक नियम रासायनिक नहीं, यांत्रिक है। कहीं और उद्धृत किसी आंकड़े से इस पृष्ठ की तुलना करने से पहले तय कीजिए कि वह स्रोत कौन सी दिशा इस्तेमाल करता है, और फिर परिमाण की तुलना कीजिए। यदि कोई स्रोत 0.4 बताता है और यह कैलकुलेटर -0.4 देता है, तो दोनों विपरीत परिपाटियों के तहत एक ही औसत हैं और वे पूरी तरह मेल खाते हैं। परिमाण में बराबर और चिह्न में विपरीत दो संख्याएँ मेल हैं, विरोधाभास नहीं, और इन्हें टकराव मान लेना ही वह तरीका है जिससे एक सही परिणाम फेंक दिया जाता है। उस स्थिति में दोनों में से कोई संख्या गलत नहीं है; केवल तुलना ग़लत ढाँचे में की गई थी।

एक दूसरी जाँच चिह्न की चूकों के बजाय इकाई की चूकों को पकड़ती है। क्योंकि परिणाम बीस स्थिर गुणांकों का औसत है, उसका उन गुणांकों के दायरे के भीतर होना चाहिए, और उस पट्टी से बाहर का कोई अंक दिखे तो समझ लीजिए कि कोई गुणांक गलत दर्ज किया गया। बहुत बड़ा परिणाम लगभग सदैव इसका मतलब है कि दशमलव बिंदु हिल गया, और आंकड़ों को एक ही इकाई पर रखने की सामान्य आदत, जो पूर्णांकन और छोटे आयतन पर मार्गदर्शिका में रखी गई है, इसी तरह की त्रुटियों को जल्दी पकड़ लेती है। इनमें से कुछ भी इस सूचकांक तक विशिष्ट नहीं है; यहाँ इसका जोखिम केवल इतना अधिक है कि इनपुट नंगे अंक हैं, ऐसी राशियाँ नहीं जिन्हें पार्सर ने पहले ही जाँच लिया हो।

पेप्टाइड के लिए लगभग सारी कमजोरी औसत निकालने से आती है। चार अवशेषों वाली शृंखला पर एक अवशेष उत्तर का चौथाई होता है, इसलिए आउटपुट उस एकल गुणांक के बहुत पास रहता है और बाकी तीन मुश्किल से दिखते हैं। दो ट्रिप्टोफैन और दो ग्लिसिन वाली शृंखला इन दोनों मानों का औसत लौटाती है और कुछ नहीं, और यह इस बात की कोई जानकारी नहीं देती कि दोनों ट्रिप्टोफैन एक-दूसरे के साथ-साथ हैं। शृंखला छोटी करने पर सूचकांक अधिक सटीक नहीं, अधिक शोरयुक्त हो जाता है, और कम संख्याओं पर गणना करने से जो उम्मीद होती है उसका ठीक उल्टा होता है। पेप्टाइड लंबाई कैलकुलेटर पहले चला लेना उचित है ताकि आपको पता रहे कि आप किस स्थिति में हैं।

औसत क्रम को पूरी तरह फेंक भी देता है। एक ही संघटन का कोई भी पुनर्व्यवस्थित रूप ठीक वही परिणाम देता है, इसलिए हाइड्रोफोबिक अवशेषों का एक खंड और वही अवशेष शृंखला पर बिखरे हुए, दोनों उसके लिए एक-जैसे हैं। वलित प्रोटीन के लिए यह एक सहनीय सन्निकटन है, क्योंकि वलय उन अंतरक्रियाओं से बना रहता है जिन्हें सूचकांक अनदेखा भी करता है। किसी सतह को छूने वाले छोटे रेखीय पेप्टाइड के लिए हर अवशेष कब और कहाँ प्रस्तुत होता है, यह संभवतः पूरा सवाल है, और सूचकांक इसमें से कुछ नहीं देख सकता। स्थायी रूप से आयनित आवेशित अवशेष और कार्यशील pH पर केवल आंशिक रूप से आयनित अवशेष यहाँ एक जैसे दिखते हैं; आवेश बनाम pH वक्र कैलकुलेटर वह पृष्ठ है जो इन्हें अलग करता है।

इस अंक और किसी प्रयोगात्मक परिणाम के बीच की दूरी ही वह सब कुछ है जो यह अंक नहीं है। यह नहीं बता सकता कि कोई अनुक्रम किसी विशेष लक्ष्य से अंतरक्रिया करता है या नहीं, कितनी ज़ोर से, या किन शर्तों के तहत, और यह इस बारे में बिल्कुल कोई जानकारी नहीं रखता कि कोई पेप्टाइड जीवित व्यवस्था में क्या करता है। यह इतना कर सकता है कि अनुक्रमों के एक समूह को एक ऐसे क्रम में रख दे जिसे सिद्ध कहा जा सके, ताकि स्क्रीनिंग चरण को शुरुआत करने के लिए कहीं हो। आउटपुट को एक छनछन समझिए, और इससे निकाली गई किसी भी बात को एक और ऐसी परिकल्पना समझिए जिसकी जाँच अभी बाकी है।

यदि आप उसी रसायन का सच में स्वतंत्र दृष्टिकोण चाहते हैं, एक ही सारणी का दूसरा पाठ नहीं, तो GRAVY हाइड्रोफोबिसिटी कैलकुलेटर हर अवशेष को एक हाइड्रोपैथी पैमाने पर भार देता है जो अलग प्रेक्षणों से लिया गया है, और GRAVY स्कोर और काइट-डूलिटल हाइड्रोफोबिसिटी बताती है कि वह पैमाना कहाँ से आता है। हाइड्रोफोबिक अवशेष अंश उसी शृंखला का तीसरा, पूरी तरह भार रहित दृष्टिकोण देता है। जब तीन स्वतंत्र सारांश आपस में असहमत हों, तो वह असहमति स्वयं में जानकारी है, और किसी एक अंक के अकेले इस्तेमाल से यह कहीं अधिक अच्छा ध्यान का उपयोग है। जो माप सब एक ही दिशा में झुकते हों, वे एक ही मान्यता के तीन आकलन हैं, उसके तीन पुष्टि नहीं।