Boman-Index-Rechner

Die Methode nimmt für jeden der zwanzig Reste eine veröffentlichte freie Transferenergie aus dem Wasser in eine hydrophobe Umgebung, addiert diese zwanzig Zahlen so weit wie die Kette reicht und teilt durch die Länge. Die Idee dahinter ist solide und lohnt sich darzulegen, denn sie ist der einzige Grund, warum eine Tabelle von Koeffizienten überhaupt etwas aussagen kann: Ein Rest, der in einer Bindungsfläche oder in einer Membran sitzt, hat das Wasser verlassen, und die freie Energie dieses Weggehens ist ein Teil dessen, was jede Wechselwirkung zu zahlen hat. Die Summe aus zwanzig Kosten je Rest ergibt eine einzige vergleichbare Zahl für jede Kette.

Was diese Zahl ist, ist ein Screeningscore für einen engen Zweck, nämlich Sequenzen in eine Reihenfolge zu bringen, bevor ein Experiment läuft. Sie ist keine Messung. An Ihrem Peptid wurde nichts gemessen, und aus dem Wert folgt keine Aussage über Bindung, über Potenz oder über irgendeine Wirkung in einem System. Das Einzige, was er legitim tun kann, ist eine Kandidatenliste zu sortieren, damit der Aufwand im nächsten Schritt am vielversprechenden Ende anfällt statt umgekehrt. Rangieren und Messen sind verschiedene Tätigkeiten, und dieser Unterschied geht am leichtesten verloren, sobald eine Zahl mit einer Einheit auf einer Seite erscheint.

Die Rangfolge ist nie besser als die Tabelle dahinter. Jeder Eintrag in dieser Tabelle ist selbst eine angepasste oder gemessene Größe mit eigenen Bedingungen, und es existiert mehr als eine veröffentlichte Resttabelle. Zwei Werkzeuge können daher über dieselbe Sequenz uneins sein, während jedes seine eigene Tabelle korrekt anwendet, und keines ist kaputt. Der produktive Umgang mit einer Unstimmigkeit ist nachzuschlagen, welche Tabelle welches Werkzeug benutzt hat; der Aminosäurezusammensetzungsrechner hilft dabei, indem er Ihnen die rohen Anzahlen liefert, um sie von Hand gegen eine der beiden Tabellen nachzurechnen.

Das Vorzeichen ist hier das Einzige, was am leichtesten falsch gemacht wird, weil veröffentlichte Tabellen nicht alle in derselben Richtung laufen. Die Reste, die eine hydrophobe Umgebung begünstigen, stehen an einem Ende der Originaltabelle, darunter Tryptophan und Phenylalanin, während kleine und polare Reste bei oder nahe null und auf der anderen Seite stehen. Manche Quellen geben diese Tabelle direkt wieder, andere ihr Negatives, damit eine größere Zahl als mehr Potenz gelesen wird. Beide Konventionen sind in Umlauf, und dieselbe zugrunde liegende Größe erscheint in der Literatur und in verschiedenen Werkzeugen mit entgegengesetzten Vorzeichen.

Die praktische Regel ist mechanisch und nicht chemisch. Bevor Sie diese Seite mit einer anderswo angegebenen Zahl vergleichen, stellen Sie fest, welche Ausrichtung diese Quelle verwendet, und vergleichen Sie dann die Beträge. Gibt eine Quelle 0.4 an und liefert dieser Rechner -0.4, sind die beiden dasselbe Mittel unter entgegengesetzten Konventionen und sie stimmen exakt überein. Zwei Zahlen vom gleichen Betrag mit entgegengesetztem Vorzeichen sind eine Übereinstimmung und kein Widerspruch, und sie für einen Konflikt zu halten ist der Weg, auf dem ein richtiges Ergebnis weggeworfen wird. Keine der beiden Zahlen ist in diesem Fall falsch, nur der Vergleich fand im falschen Rahmen statt.

Eine zweite Prüfung fängt Fehler in den Einheiten, nicht im Vorzeichen. Weil das Ergebnis ein Mittel aus zwanzig festen Koeffizienten ist, muss es innerhalb des Bereichs liegen, den diese Koeffizienten aufspannen, und eine Zahl außerhalb dieses Bandes bedeutet, dass ein Koeffizient falsch eingegeben wurde. Ein völlig übergroßes Ergebnis bedeutet fast immer, dass ein Dezimalpunkt verrutscht ist, und die allgemeine Gewohnheit, alle Zahlen in einem einzigen konsistenten Einheitensystem zu halten, wie sie der Leitfaden zum Runden und zu kleinen Volumen darstellt, fängt diese Art von Fehler früh. Nichts davon ist für diesen Index eigentümlich, es ist hier nur stärker exponiert, weil die Eingaben nackte Zahlen sind und keine Größen, die ein Prüfer bereits kontrolliert hat.

Das Mitteln ist die Quelle fast aller Schwächen bei einem Peptid. Auf einer Kette aus vier Resten ist ein Rest ein Viertel der Antwort, das Ergebnis liegt also sehr nahe an diesem einen Koeffizienten und die anderen drei treten kaum hervor. Eine Kette aus zwei Tryptophanen und zwei Glycinen liefert den Mittelwert dieser beiden Werte und sonst nichts, und sie vermittelt keine Information darüber, dass die Tryptophane nebeneinanderliegen. Eine kürzere Kette macht den Index verrauschter und nicht genauer, also das Gegenteil dessen, was man von einer Rechnung mit weniger Zahlen erwartet. Der Peptidlängenrechner lohnt sich zuerst zu klären, damit Sie wissen, in welchem Regime Sie sind.

Das Mittel verwirft außerdem die Reihenfolge vollständig. Jede Permutation derselben Zusammensetzung ergibt genau denselben Wert, ein Block hydrophober Reste und dieselben Reste über eine Kette verstreut sind für ihn also ununterscheidbar. Für ein gefaltetes Protein ist das eine hinreichende Näherung, denn die Faltung wird von Wechselwirkungen zusammengehalten, die der Index ebenfalls ignoriert. Für ein kurzes lineares Peptid, das eine Oberfläche berührt, ist dagegen die Frage, wann und wo jeder Rest präsentiert wird, plausibel die gesamte Frage, und der Index sieht davon nichts. Ein dauerhaft ionisierter geladener Rest und einer, der beim Arbeits-pH nur teilweise ionisiert ist, sehen hier gleich aus; der Rechner für die Ladung-gegen-pH-Kurve ist die Seite, die sie trennt.

Der Abstand zwischen diesem Wert und jedem experimentellen Ergebnis ist das gesamte, was der Wert nicht ist. Er kann Ihnen nicht sagen, ob eine Sequenz mit einem bestimmten Ziel wechselwirkt, wie stark oder unter welchen Bedingungen, und er trägt keinerlei Information darüber, was ein Peptid in einem lebenden System bewirkt. Was er tun kann, ist eine Menge von Sequenzen in eine vertretbare Reihenfolge zu bringen, damit ein Screening-Schritt einen Anfang hat. Lesen Sie die Ausgabe als einen Filter, und lesen Sie alles, was daraus gefolgert wird, als eine weitere Hypothese, die noch geprüft werden muss.

Wenn Sie eine wirklich unabhängige Sicht auf dieselbe Chemie wollen statt einer zweiten Lesart derselben Tabelle, gewichtet der GRAVY-Score-Rechner jeden Rest auf einer Hydropathieskala, die aus anderen Beobachtungen stammt, und der Kyte-Doolittle-Leitfaden erklärt, woher diese Skala kommt. Der Rechner für den hydrophoben Restanteil liefert eine dritte, völlig ungewichtete Sicht auf dieselbe Kette. Wenn drei unabhängige Zusammenfassungen einander widersprechen, ist dieser Widerspruch selbst eine Information, und er ist eine bessere Nutzung der Aufmerksamkeit als ein einzelner Wert für sich genommen. Ein Satz von Maßen, der alle in dieselbe Richtung neigt, bleibt drei Schätzungen einer Annahme und nicht drei Bestätigungen dafür.