Aminosaeurezusammensetzungsrechner

Die Zusammensetzung ist keine Eigenschaft des Verhaltens eines Peptids. Sie ist ein Bestandsverzeichnis, und ihr Wert liegt darin, dass sie das Material ist, aus dem jede andere Kennzahl auf einer Peptidseite gebaut wird. Eine mittlere Hydropathie teilt eine gewichtete Summe durch die Anzahl der Reste. Ein Extinktionskoeffizient ist eine gewichtete Summe über Tryptophane, Tyrosine und Cystinpaare. Eine Molekülmasse ist eine Summe von Restmassen. In jedem dieser Fälle ist die Anzahl von dieser Seite entweder der Teiler oder einer der Summanden, ein Fehler in der Zusammensetzung bleibt also nicht lokal, sondern pflanzt sich in jede danach berechnete Zahl fort.

Die Anzahl vor allem anderen zu bilden ist deshalb eine Disziplin und keine Formalität, denn sie ist die billigste Zahl auf der Seite zu prüfen und zugleich die am weitesten weiterverwendete. Ein Transkriptionsfehler zeigt sich fast immer hier. Der Austausch eines Rests gegen einen anderen lässt die Länge unberührt, erhöht aber die eine Anzahl und senkt die andere, was eine Längenprüfung nicht sieht und eine Zusammensetzungstabelle sofort sichtbar macht. Eine Deletion verändert die Länge tatsächlich, die Länge findet sie also zuerst, die Zusammensetzung benennt danach aber, welche Anzahl fehlt und um wie viel, und das genügt meist, um die Position zu lokalisieren.

Die Prozentsätze auf dieser Seite sind Molenanteile, als Prozentzahl geschrieben. Sie sind keine Massenanteile, und die beiden weichen Rest für Rest um einen Betrag ab, der groß sein kann. Umrechnen ist keine Frage des Skalierens der ganzen Tabelle. Jeder Prozentwert muss mit der tabellierten Masse des Rests multipliziert werden, zu dem er gehört, die Ergebnisse werden summiert, und der Gesamtwert wird durchgeteilt. Dieser gewichtete Schritt ist genau das, was der Rechner für die mittlere Molekülmasse ausführt, die beiden Seiten liefern zusammen also eine molare Zusammensetzung und die Masse, die jeder Teil davon trägt.

Eine Kette aus GWWY zeigt den Abstand deutlich. Drei der vier Positionen sind aromatische Reste, jede davon ist also nach Anzahl zu 75 Prozent der Kette, und jede trägt eine Restmasse weit über dem Mittel für ein Peptid. Auf diese drei Positionen entfällt daher ein merklich größerer Anteil der Masse als 75 Prozent. Nichts ist hier widersprüchlich: Die beiden Zahlen beantworten zwei verschiedene Fragen, und wer die Massenaufteilung will, muss umrechnen statt annehmen. Jede Schätzung, die von Anzahlen ausgeht, verschiebt sich um einen anderen Betrag, je nachdem von welcher der beiden sie ausgegangen ist.

Die zwanzig Reste werden jeder genau einer Klasse zugeordnet, und das macht die Klassenprozentsätze leicht zu berechnen und unhandlich zu kombinieren. Der Aromatizitätsrechner sowie die Seiten für den hydrophoben, den polaren und den geladenen Restanteil lesen dieselbe Klassifikation und unterscheiden sich nur darin, welche Klassen sie summieren. Der Preis dafür ist, dass ein einzelner Rest mehrere dieser Fragen gleichzeitig beantworten kann. Tyrosin ist aromatisch, weil sein Ringsystem ultraviolettes Licht absorbiert, polar, weil seine phenolische Hydroxylgruppe Wasserstoffbrücken mit Wasser bildet, und über die größte seiner Fläche hinweg unpolar. Eine Klassifikation, drei vertretbare Fragen, drei überlappende Antworten.

Es lohnt sich, eine Klasse als eine Aussage über die Verbindlichkeit und nicht über das Verhalten aufzufassen, denn sie ist eine. Cystein steht als polar, weil eine freie Thiolgruppe Wasserstoffbrücken bildet, und ein Cystein, das eine Disulfidbrücke gebildet hat, hat keine solche Gruppe mehr. Histidin steht als basisch, weil es ein Proton aufnehmen kann, und bei einem pH deutlich über dem eigenen pKa ist es überwiegend unprotoniert und überwiegend neutral. Keines der beiden Etiketten ist falsch, und keines hilft viel, sobald die Umgebung nicht diejenige ist, für die die Klassifikation gebaut wurde. Das ist ein guter Grund, zum Nettoladungsrechner zu greifen, wenn die Frage nach der Ladung lautet und nicht nach der Zugehörigkeit.

Eine verlockende Möglichkeit ist es, diese Seite umzukehren: Eine Molekülmasse nehmen und fragen, welche Zusammensetzung sie erzeugt hat. Das scheitert aus zwei voneinander unabhängigen Gründen, und jeder einzelne davon ist schon verhängnisvoll. Leucin und Isoleucin tragen in beiden Skalen, der mittleren und der monoisotopischen, identische tabellierte Restmassen, selbst eine perfekte Masse lässt also zwischen ihnen eine nicht auflösbare Wahl. Unabhängig davon lässt sich jede gegebene Multimenge von Resten in völlig beliebiger Reihenfolge schreiben, und die Reihenfolge hinterlässt in einer Masse keine Spur. Die Masse legt weder fest, welche Reste vorhanden sind, noch wo sie sitzen.

Der Rechner Masse zu Sequenz macht diese Mehrdeutigkeit sichtbar, statt sie zu verbergen, und er wird Ihnen keine Zusammensetzung nennen. Die Zusammensetzung ist nur in Vorwärtsrichtung verlässlich: Sie haben die Sequenz, und die Frage lautet, woraus sie besteht. Von da aus behandelt Molekülmasse aus einer Sequenz , wie sich Anzahlen und Restmassen verbinden, der Summenformel-Rechner führt dieselbe Zusammensetzung über die Elementanzahlen weiter, indem er für jede Peptidbindung ein Wasser abzieht, und der Extinktionskoeffizient-Rechner benutzt drei Restanzahlen plus eine Bindungsanzahl, die Sie selbst liefern müssen.